石林景区巨资聘请了新加坡CPG集团、上海市政府发展研究中心和同济大学的专家、学者和建筑设计大师，为石林作旅游规划、建筑设计和战略研究，力求在传承和弘扬优秀民族文化的基础上进行创新，放眼百年，以科学发展观和可持续发展的理念谋划石林未来的发展。目前，已对1987年国务院批准执行的《石林风景名胜区总体规划》进行了修编，相继编制完成了《石林世界地质公园总体规划》、《石林旅游发展规划》、《石林风景区生态建设规划》、《石林旅游业发展战略规划思路研究》、《长湖风景区保护性开发规划》和《大叠水风景区保护性开发规划》。
在资源保护、管理体制、综合治理、队伍建设等方面不断创新实践，先后制定了40多项管理制度，编成《石林风景区制度汇编》，每年层层签订工作目标考核责任书，用“严格保护、科学开发、文明建设、文明经营”的理念，对景区开发建设和服务进行全面管理，确保游客游得舒心，买得放心，吃得开心，住得安心。在长期的管理实践中，石林风景名胜区逐步探索形成了独具特色，以“统一管理为前提，法规制度为后盾，综合治理为龙头，行业监督为骨干，群众自律为基础，目标责任为保证，承诺服务求信誉，宣传营销助发展”的石林管理模式。
2003年11月，石林在全国风景名胜区中率先通过了ISO9000质量管理体系、ISO14000环境管理体、OHSMS18000职业健康安全管理体系“三标一体化”国际认证，并连续三年通过了国际认证中心的监督审核，使石林的管理步入了与国际接轨的“科学化、标准化、程序化、制度化”发展轨道。
