石林景區巨資聘請了新加坡CPG集團、上海市政府發展研究中心和同濟大學的專家、學者和建築設計大師，為石林作旅遊規划、建築設計和戰略研究，力求在傳承和弘揚優秀民族文化的基礎上進行創新，放眼百年，以科學發展觀和可持續發展的理念謀划石林未來的發展。目前，已對1987年國務院批准執行的《石林風景名勝區總體規划》進行了修編，相繼編制完成了《石林世界地質公園總體規划》、《石林旅遊發展規划》、《石林風景區生態建設規划》、《石林旅遊業發展戰略規划思路研究》、《長湖風景區保護性開發規划》和《大疊水風景區保護性開發規划》。
在資源保護、管理體制、綜合治理、隊伍建設等方面不斷創新實踐，先后制定了40多項管理制度，編成《石林風景區制度匯編》，每年層層簽訂工作目標考核責任書，用“嚴格保護、科學開發、文明建設、文明經營”的理念，對景區開發建設和服務進行全面管理，確保遊客遊得舒心，買得放心，吃得開心，住得安心。在長期的管理實踐中，石林風景名勝區逐步探索形成了獨具特色，以“統一管理為前提，法規制度為后盾，綜合治理為龍頭，行業監督為骨干，群眾自律為基礎，目標責任為保證，承諾服務求信譽，宣傳營銷助發展”的石林管理模式。
2003年11月，石林在全國風景名勝區中率先通過了ISO9000質量管理體系、ISO14000環境管理體、OHSMS18000職業健康安全管理體系“三標一體化”國際認證，並連續三年通過了國際認證中心的監督審核，使石林的管理步入了與國際接軌的“科學化、標准化、程序化、制度化”發展軌道。
